Zastava sa ljiljanima predstavlja simbol srednjovjekovne bosanske države.
Profesor Enver Imamović na čiji prijedlog je zastava sa ljiljanima i vraćena 1992.godine kao priznata zassava naše zemlje objašnjava šta je ona u tom periodu simbolizirala:
“Svaki od tri ljiljana u polju je označavao tri ravnopravna naroda Bosne i Hercegovine (Bošnjake,Srbe i Hrvate),dok plava polja podijeljena dijagonalnom linijom simboliziraju Bosnu odnosno Hercegovinu.