Austrougarska okupacija Bosne i Hercegovine i 1878. godina su najveće prekretnice u historiji bosanskohercegovačkih muslimana, današnjih Bošnjaka. Nakon višestoljetnog prisustva osmanske, islamske vlasti, došla je nova vlast. Ali to nije bila bilo kakva promjena vlasti, jer je dolazak Austro-Ugarske značio ulazak u novi kulturno- civilizacijski krug, novi društveni i ekonomski poredak. Muslimanima je trebalo mnogo godina da spoznaju značaj događaja iz 1878, još više da to prihvate, a cijelo stoljeće (ili čak i više) da se od toga oporave i počnu nacionalno-politički sazrijevati i boriti se za sebe. Do tada su već daleko zaostali za susjednim narodima.
Među muslimanima Bosne i Hercegovine, koji su za vrijeme osmanske vladavine bili najaktivniji i najbuntovniji element, nakon okupacije je nastupilo političko mrtvilo. Apsolutno nikakvih ideja, inicijativa, pokreta nije bilo sve do početka borbe za vjersko- prosvjetnu autonomiju u posljednjim godinama XIX stoljeća. Austrougarska uprava ih je ubrzo odvojila od duhovnih vlasti u Istanbulu (vidi: Vjerske zajednice u prvim godinama
okupacionog režima) uspostavljajući bosanskohercegovački ulema medžlis i funkciju reisu-l-uleme za Bosnu i Hercegovinu. Međutim, to je aktivnost nove uprave, a ne samih muslimana.
Jedini pokret među njima bilo je iseljavanje u Osmansku državu.
Iseljavanje je naročito dobilo na intenzitetu nakon uvođenja Wehrgesetza, odnosno Vojnog zakona (Privremenog odbrambenog zakona za BiH). Neki su iseljavanje tumačili kao rezultat psihičkog šoka kod muslimana i njihove nespremnosti da prihvate novu stvarnost. Međutim, najvažniji faktor za masovno iseljavanje muslimana jeste njihov ekonomski položaj, koji je konstantno slabio, iako su austrougarske vlasti izbjegavale rješavanje agrarnog pitanja. Osim toga, bilo je i doseljavanja iz Monarhije, a također i propagande iz Osmanske države da se muslimani iseljavaju, pa čak i među pojedinim muslimanskim grupama u samoj Bosni i Hercegovini.
Utvrditi tačan broj iseljenih muslimana graniči sa nemogućim. Neke maksimalne procjene navode broj od 300.000 iseljenika, što je pretjerano. Sa druge strane, prema austrougarskim podacima se navodi broj od 61.114 iseljenika, što odgovara broju kolonista (63.376), ali je teško da su i ovi podaci tačni. U obzir treba uzeti popise stanovništva koje je Austro-Ugarska provodila 1879, 1885, 1895 i 1910. godine.
Numerički iznos je rastao sa 448.613 na popisu 1879. do 612.137 na popisu 1910. godine. Međutim, procentualni udio u ukupnom broju stanovništva je padao nakon svakog popisa – sa 38,73% 1879. do 32,25% 1910. godine, dok je istovremeno rastao procentualni udio katoličkog stanovništva. Kod muslimana je rast broja stanovništva bio tek na oko 22%, dok je kod pravoslavaca bio oko 35%, a kod katolika oko 59,5%. Prema tome, neka optimalna procjena bi bila da se iselilo oko 150.000 muslimana.
Austrougarska uprava prema muslimanima u prvim godinama okupacionog mandata bila je dosta nepovjerljiva, svakako i zbog činjenice da su se muslimani suprotstavljali carsko-kraljevskoj armiji. Naročito su za vrijeme Filipovićeve uprave vlasti bile oprezne prema muslimanima. Međutim, od odlaska Filipovića, a naročito od dolaska Kallaya, austrougarske vlasti počinju drugačije postupati prema muslimanima.
Kallay je bio svjestan da se ne smije dozvoliti radikalan pad broja muslimanskog stanovništva, jer bi to dovelo do promjene vjersko-etničkih odnosa u korist srpsko-pravoslavnog elementa, što Monarhiji nije bilo u interesu. U skladu s tim vlasti nastoje pridobiti muslimane za sebe, među inteligencijom se pronalaze i oni koji su bili spremni prihvatiti austrougarsku vlast i krenuti novim putem.
Posebno se ističe Mehmed-beg Kapetanović i njegov list Bošnjak, pa se među muslimanima pokušava proširiti i nacionalna svijest. No, to je neuspješno završilo najviše zahvaljujući samim muslimanima (vidi: Nacionalna
politika Kallayevog režima). Veći dio muslimana je odbacivao sve što je dolazilo od strane režima, pa čak i obrazovanje po novom sistemu. Za 30 godina okupacione uprave, muslimani su tek u jednom manjem broju prihvatili novi sistem obrazovanja, tako da ih je do aneksije bilo čak 94,65% po europskim kriterijima nepismenih.
Tek su u političkom pogledu na opštinskom nivou muslimani uspjeli zadržati prijašnji status, pa su 1895. držali 77 načelničkih mjesta od 91 gradske opštine. Međutim, to nije bilo favoriziranje od strane vlasti, već odraz procentualnog udjela u gradskom stanovništvu. I pored svih promjena, čak i 1910. muslimani su činili malo preko 50% gradskog stanovništva, a u 66 gradskih opština bili su apsolutna većina u njih 46.
Nastojale su austrougarske vlasti, pogotovo za vrijeme Kallaya da ponude muslimanima i kulturni sadržaj, pa su pokrenuti časopisi na turskom jeziku Vatan i Rehber, zatim godišnjaci i kalendari, a Kosta Hörmann je skupio Narodne pjesme Muhamedovaca u Bosni i Hercegovini u dvije knjige sa više hiljada stihova muslimanske epike. Također, vlasti su preuzele brigu o vakufima preko Privremene vakufske komisije.